Die bedeutsame historische Geschichte des Rheinauhafens ergibt sich v.a. aus dem langen Zeitfenster in die Vergangenheit, v.a. geht die Historie zum Rheinauhafen bis in die römische Zeit zurück und wird seinerzeit v.a. durch die Zusammenhänge mit der Rheinschifffahrt begründet. Der seinerzeitige, sog. Römische Hafen, lag örtlich gesehen zwischen der heutigen Trankgasse und der Kleinen Witschstr. in Köln. Archäologisch ist dies v.a. an den Speicherbauten noch zu erkennen, die heute unter Groß. St. Martin verortet sind. 

Aus dem römischen Hafen entstand der mittelalterliche Hafen, wobei diesem als großer bedeutsamer Punkt der Stadt auch eine wirtschaftliche Bedeutung zukam. Seinerzeit, v.a. auf der Grundlage eines kaiserlich vorgegebenen Stapelrechts, war es so, dass etwaige Ware, die den Rhein passierte, in dieser Folge auch für 3 Tage ausladen und hier zum Kauf angeboten werden musste. Diese hier beschriebene, v.a. auch seinerzeitige wirtschaftliche Bedeutung des Rheinauhafens für Köln, zeigte sich seinerzeit städtebaulich v.a. in den Kaimauern und Werften, verankert. Die Waren wurden seinerzeit aus den Schiffen in Richtung der architektonisch vorliegenden Hallen u.a. Am Heumarkt, der Gewandhalle im Seidmachergäßchen (beide um das Jahr 1373), das Eisenkaufhaus "Auf dem Malzbüchel" (im Jahr 1388), dem Fischkaufhaus (im Jahr 1426), dem Haus für die Korn- und Mehlwaage an der Rheingassenpforte (vor dem Jahr 1439), dem Kornhaus an der Zeughausstraße (im Jahr 1441) und dem Gürzenich (In den Jahren 1411 bis ca. 1444). 

Mit dem Einsatz des ersten Dampfschiffs im Jahr 1816 zeigte sich der Beginn einer neuen Zeitphase anbahnend. Hiernach wurden das erste in Deutschland gebaute Dampfschiff befahren, weiterhin wurden dann auch die für den Güterverkehr wesentlichen Schleppschifffahrten eingeführt. Im Jahr 1830f. bzw. folglich um 1840 wurde der Güterverkehr am Rhein auch im Sinne eines Getreidehandelsplatz genutzt. 

Im Jahr 1830f. bzw. folglich um 1840 wurde der Güterverkehr am Rhein auch im Sinne eines Getreidehandelsplatz genutzt. Wegen des in den Folgejahren steigenden Güterverkehr und Handelsaufkommen ist es in der Folge zu einem Ausbau des Rheinauhafens gekommen. Diese wurden beginnend im Jahr 1850 abgeschlossen. Der Hafen entstand unter Anwendung des sogenannten Werthchens; dies entsprach einer Rheininsel mit Stromverlagerung. 

Im Jahre 1885 wurden die ersten Verbindungen im Linienverkehr zwischen Köln und London zugelassen, weiterhin wurde dies mit Beginn des Jahres 1890 ausgehend von Köln auch für Schiffe, welche aus anderen Nord- und Ostseehäfen gekommen waren, zugelassen. 

Die Pläne für den Hafenbau wurden mit Beginn des Jahres 1886 sowie bis zum Jahr 1891 soweit umgesetzt, als dass die Neugestaltung der Rheinuferzone mit einer Erneuerung der Werftmauer Am Leystabel und Am Zollhafen begonnen wurde. Weiterhin erfolgte die Erneuerung des Bereichs am Rheinufer auch bezogen auf den heutigen Konrad-Adenauer-Ufer sowie hierbei bis zur Machabäerstr.

Die Pläne für den Hafenbau wurden mit Beginn des Jahres 1886 sowie bis zum Jahr 1891 soweit umgesetzt, als dass die Neugestaltung der Rheinuferzone mit einer Erneuerung der Werftmauer Am Leystabel und Am Zollhafen begonnen wurde. Weiterhin erfolgte die Erneuerung des Bereichs am Rheinufer auch bezogen auf den heutigen Konrad-Adenauer-Ufer sowie hierbei bis zur Machabäerstr. Der Aufbau des Rheinauhafensselbst sowie das Oberländer Ufer bis hin über die Stadtgrenze in Köln erfolgten in den Jahren 1891 bis 1898.

Der Ausbau des Rheinauhafens hatte zudem zur Funktion den neuen Rheinauhafen als Handelshafen zu nutzen. 

Der Rheinauhafen war 1891 als städtebauliche Einheit von technischen Anlagen und Hochbauten mit einem hohen gestalterischen Anspruch entwickelt und bis 1898 ausgeführt worden. Die Neubauten der 1920er und 1950er Jahre zeigten sich dann zwar nicht mehr einheitlich, jedoch funktionell. Hierbei zeigten sich bei der erneuten Neugestaltung ab ca. 1950 f. v.a. als wesentlicher Teil des neuen Rheinauhafen die Hafenbecken, die Landzunge und die ca. Südbrücke reichender Kaimauer. Der Rheinauhafen in Köln entstand daher insgesamt in einer Phase umfassender Änderungen und hat deswegen große Bedeutung für die Kölner Stadtgeschichte.